In this section

Statistics on protein trees

The protein tree pipeline is described at the following page.

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Eukaryota14284109882358938
17.2 %24.1 %
Viridiplantae71625905920337
13.9 %19.0 %
Streptophytina816762111380576
14.6 %20.7 %
Embryophyta224691790232511316
18.9 %26.6 %
Tracheophyta824465551486203
23.1 %26.2 %
Magnoliopsida242861326975543463
17.3 %25.2 %
Magnoliopsida79679486231913711919
10.9 %17.7 %
Mesangiospermae36168317803400988
25.2 %32.5 %
commelinids15249138561195198
28.0 %32.7 %
Poales1242111261106298
33.5 %36.6 %
Poaceae6119138762169115518
24.6 %32.6 %
PACMAD clade35027296514674702
31.4 %36.1 %
Eragrostis300352380162340
69.4 %69.4 %
Panicoideae30363275602319484
28.5 %34.4 %
Andropogoneae41630389842513133
39.6 %41.7 %
Saccharum spontaneum18912179599530
56.0 %56.0 %
Paniceae7357070665287431
51.8 %52.4 %
Setaria278952573421610
81.3 %81.3 %
BOP clade26206246911069446
18.2 %25.7 %
Oryzinae24534223232016195
42.0 %46.0 %
Oryza261437245335107095393
30.5 %45.9 %
Oryza sativa17837176671700
59.1 %59.1 %
Pooideae622015290681701125
31.5 %35.8 %
Triticeae5583935268125907981
23.7 %38.7 %
Hordeinae1432314249740
58.1 %58.1 %
Triticinae158714128136245256053
36.6 %45.7 %
Triticinae590125752414880
72.4 %72.4 %
Triticum219204150
73.3 %73.3 %
Triticum295672671717131137
27.5 %45.8 %
Triticum11549111245630350
61.5 %61.5 %
Triticum11557011083547350
60.0 %60.0 %
Poeae23549214771953119
42.7 %45.3 %
Avena sativa6893341047607721809
10.0 %46.1 %
Avena sativa201011848216190
62.0 %62.0 %
Avena sativa830877875210
65.5 %65.5 %
Pentapetalae114492797021594018850
8.0 %17.4 %
asterids377293533013421057
14.1 %25.3 %
lamiids34925335451036344
25.3 %33.7 %
Lamiales149711385611123
67.2 %67.4 %
Oleeae4171927942137770
86.0 %86.0 %
Solanales14979144764985
52.7 %53.3 %
Solanaceae4855740652785451
66.9 %67.3 %
Solanum216011965919420
74.3 %74.3 %
campanulids10391102321572
44.3 %44.9 %
Asteraceae448023748073220
74.2 %74.2 %
Chenopodiaceae159671412918380
76.2 %76.2 %
rosids7854360442542712674
5.9 %19.6 %
malvids342853368950888
30.8 %36.2 %
Brassicaceae774836456312617303
56.8 %58.1 %
Brassica183497121790617070
54.3 %54.3 %
Camelineae27118246812282155
46.1 %49.2 %
Arabidopsis487464635023960
67.2 %67.2 %
Camelina sativa478824497529070
62.9 %62.9 %
Eucalypteae266012089557060
83.6 %83.6 %
Malvaceae341293185122780
55.3 %55.3 %
Sapindales15461151033580
73.0 %73.0 %
fabids798117548927841538
18.0 %28.0 %
Malpighiales15187148703170
71.6 %71.6 %
Benincaseae1997017612233523
78.7 %79.5 %
Cucumis17520170125080
76.2 %76.2 %
Rosales258452515266429
56.5 %58.9 %
Rosaceae2061218804175751
53.5 %55.0 %
Amygdaloideae186231773787511
57.5 %58.2 %
Prunus444813994845330
70.1 %70.1 %
50 kb inversion clade517104210883281274
42.2 %48.6 %
NPAAA clade25542240291301212
31.6 %36.7 %
IRL clade27983242443334405
40.2 %45.1 %
Fabeae4750043938351349
61.6 %62.4 %
Pisum sativum562074989263150
73.9 %73.9 %
Trifolieae218462059412520
68.2 %68.2 %
Phaseoleae1176191131854250184
50.7 %52.9 %
Glycine subgen. Soja6082940748200810
91.4 %91.4 %
Vigna38986380759110
66.6 %66.6 %
Fagales30797298709207
56.3 %56.7 %
Quercus269091998769220
78.3 %78.3 %
Chlorophyta314930401090
62.8 %62.8 %
Opisthokonta181417204351
19.9 %43.4 %
Bilateria69256001468456
25.3 %50.0 %
Ecdysozoa36533582710
72.5 %72.5 %
Chordata446942991700
68.5 %68.5 %
Rhodophyta29002639143118
30.7 %56.1 %
Bangiophyceae22442203410
68.3 %68.3 %